Początkiem Państwowej Opery Bałtyckiej było powołane w lutym 1949 przez Iwo Galla Studio Muzyczno-Dramatyczne. Jesienią 1949 roku powstało przy Filharmonii Bałtyckiej Studio Operowe. W 1953 nastąpiło połączenie Studia z Filharmonią Bałtycką w jeden organizm - Państwową Operę i Filharmonię Bałtycką. W 1993 roku nastąpił podział instytucji, w wyniku którego wyodrębniona została Państwowa Opera Bałtycka. W 2008 roku dyrektorem Państwowej Opery Bałtyckiej został Marek Weiss, który wyznaczył nowy kierunek rozwoju instytucji. W repertuarze pojawiły się tak ambitne pozycje jak „Gwałt na Lukrecji” (Britten), „Ariadna na Naxos” (Strauss) czy „Salome” (Strauss) w inscenizacji Marka Weissa.

W efekcie konsekwentnie wprowadzanych zmian w 2010 roku Opera Bałtycka (jako jedyny polski teatr operowy!) uznana została przez telewizję BBC za jeden z dziewięciu najlepszych teatrów operowych Europy, obok londyńskiej Royal Opera House Covent Garden, Teatro del Liceu w Barcelonie, Opera La Monnaie w Brukseli czy Opery w Amsterdamie.

W przeciwieństwie do większości teatrów w tej części Europy, w Operze Bałtyckiej spektakle prezentowane są nie w systemie repertuarowym ale w systemie stagione. Pozwala to utrzymać je na najwyższym poziomie artystycznym i umożliwia zapraszanie najwyższej klasy solistów. Opera Bałtycka prezentuje rocznie ok. 120 przedstawień operowych, teatru tańca oraz koncertów. Realizatorzy związani z Operą Bałtycką przygotowują rocznie 3 premiery operowe i 2 baletowe. W repertuarze Opery Bałtyckiej znajdują się także żelazne pozycje ze światowego kanonu operowego, takie jak m.in.: „Wesele Figara” , „Czarodziejski flet” (Mozart), „Eugeniusz Oniegin” (Czajkowski), „Rigoletto”, „Makbet”, „Traviata” (Verdi).

Bałtycki Teatr Tańca działa w ramach struktury organizacyjnej Opery Bałtyckiej od 2010 roku. Jest to jedyny profesjonalny teatr tańca w północnej części kraju. Został on stworzony przez choreografkę Izadorę Weiss, która została jego dyrektorem artystycznym. W swoim repertuarze BTT ma takie spektakle autorskie Izadory Weiss jak „Romeo i Julia”, „Eurazja”, „Out”, „Święto wiosny”, „Czekając na ..” oraz autorskie spektakle Wojciecha Misiury, Emila Wesołowskiego i innych.

Opera Bałtycka brała udział w wielu międzynarodowych projektach kulturalnych. Dwukrotnie uczestniczyła w Międzynarodowym Konkursie i Festiwalu Operowym pod egidą Telewizji Mezzo. W sezonie 2011/2012 Opera Bałtycka zorganizowała pierwszą edycję Bałtyckich Spotkań Teatrów Tańca (wrzesień 2011) oraz przygotowała światową prapremierę opery Elżbiety Sikory „Madame Curie”. Dzieło to powstało na zamówienie Opery Bałtyckiej i po raz pierwszy zostało zaprezentowane publiczności w Paryżu (listopad 2011), w ramach oficjalnego Programu Kulturalnego Polskiej Prezydencji w Radzie UE.